Zo’n 1000 jaar voor Christus was het oppervlak van de Middelzee nog een groot veengebied. Door stijging van het zeewater werd het veen weggeslagen en klei afgezet. Voor de winning van o.a. turf werd vanaf 800 na Christus het veen ook afgegraven. Hierdoor ontstond een verlaging van het landoppervlak.
Rond het begin van de jaartelling is de Middelzee ontstaan. In de 14e eeuw was de Middelzee een zeearm, die tussen Ameland en Terschelling Friesland binnen kwam en reikte langs Boazum tot aan Sneek en Bolsward. In de 3e en 4e eeuw na Christus bereikte de zeearm haar omvang. Het smalst was deze tussen Easterwierrum en Boazum. Zuidelijker van deze smalte was de invloed van eb en vloed dan ook minder. De smalte was de hals van de Middelzee, waar water van noord naar zuid werd geperst.
De naam Middelzee werd voor het eerst genoemd in de 16e eeuw, daarvoor werd het aangeduid met de naam Bordine. Het water scheidde het toenmalige Oostergo en eiland Westergo.
Door verlaging van het landoppervlak werd de rivier “Bordine” in de middeleeuwen behoorlijk breed. Stormen hadden vrij spel; de rivier trad buiten zijn oevers en werd uiteindelijk een zeearm. Het huidige Boorndiep, een geul tussen Terschelling en Ameland vernoemd naar de Boarn, doet nog aan die tijd herinneren.
Langs de Middelzee werden er rond de jaartelling op de bewoonbare oeverwallen terpen opgeworpen. In de periode vanaf 1200 na Christus legden monniken dijkjes en keersluisjes aan. Het aantal huizen en stinsen nam toe en in de 13e eeuw werden er kerken gesticht. Zo ontstond Boazum op 2 terpen (Hoekens en Boazum), die aansloten met een waterverbinding op de Middelzee. Het dorp breidde zich verder uit buiten de terpen.
Door slib aanwas ging men over tot drooglegging, waarbij de dorpen op de oeverwal economisch profiteerden van het nieuw aangewonnen land. De kwaliteit van het slib stond niet overal landbouw toe en werd meer zuidelijker weidegrond.
De zeearm slibde dicht en werd steeds smaller en ondieper. Vruchtbare grond werd ingepolderd. Scheepvaart werd steeds moeilijker, waardoor men o.a. niet meer per boot van Sneek naar Boazum kon.
Tussen 1200 en 1300 na Christus slibde de Middelzee dicht. Voor 1200 was het zuidelijk gedeelte al dichtgeslibd. De bedijking ging van zuid naar noord. In 1240 werd de afsluitdijk (Krinzer Earm) tussen Raerd en Easterwierrum aangelegd. Dit betekende de afsluiting van het zuidelijke deel van de Middelzee. In 1505 werd het noordelijke deel van de Middelzee door middel van de Oude Bildtdijk afgesloten.
Na de bedijking werd er rond 1300 een grenssloot gegraven in het midden van de voormalige Middelzee; deze sloot vormde de grens tussen Oostergo en Westergo. In de jaren 1507 t/m 1509 werd de Zwettesloot verbreed en verdiept en kreeg de naam Zwette.
De “ Zwette” tussen Sneek en Leeuwarden vormt dan ook een overblijfsel van de Middelzee.